平成12年、それまで暗黙の了解、もしくはうやむやな部分も含みながら 運営されていた２・３部のリーグ戦についてのルールが整備されました。

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１. 日程編成

• 順位は前季順位をさす。上部から降格してきたチームは１位校、下部から 昇格してきたチームは６位校とする。
• 左側のチームが１塁側のベンチに入り後攻、右側のチームが３塁側の ベンチに入り先攻となる。
• 月曜日から木曜日の祝日はすべて予備日とする。
• 金曜日が祝日となった場合には金曜日・土曜日で試合を行い、日曜日を 予備日とする。
• ４連休となった場合は前半２日間に試合を組み、後半２日間を予備日とする。
• ５連休となった場合は１・２日目と４・５日目に試合を組む。 ３日目は５連休の１・２日目が中止になった場合に限り予備日として使用し、 他の場合には使用しない。これにより５連休で３試合をこなすチームは 必ず現れるが、４試合をこなすチームは必ず現れない。

２. リーグ戦の運営

• 他方の試合のチームのうち(第１試合ならば第２試合に予定されているチーム)、 １塁側チームが公式記録を担当し、３塁側チームが１・３塁の塁審を担当する。
• 第１試合の１塁側のチームは審判の弁当を用意する。
• コールドは７回以降７点差とする。
• 試合成立は７回終了(もしくは７回表終了)とし、それ以前に雨天等で 試合続行不可能となった場合はノーゲームとする。
• ９回までは時間制をとらずに試合を続け、延長戦となった場合は 試合開始から３時間を越えて新しいイニングに入らない。勝負がつかない 場合は引き分けとする。
• 引き分けの試合は再試合を行わず、レギュラーシーズンは10戦固定とする。

３. 順位の決定

• 順位は10試合を戦い終えての勝率の順とする。勝率は、
  勝利数／(勝利数＋敗戦数)
  によって計算する(引き分けは考慮されない)。

• 複数チームの勝率が並んだ場合には、次の要領で決定する。
  　
  • １・６位に複数チームが並んだ場合にはプレーオフによって順位を決定する。 　　 (プレーオフの実施要領については後述) 　
  • 他の場合には前季順位が上のチームから順位を与える。

４. 個人タイトル

• 最高殊勲選手
• 最優秀投手
• 首位打者
• 最多本塁打
• 最多打点
• 最優秀出塁率
• 最多勝利
• 最優秀防御率
• 最多奪三振

５. プレーオフの実施要領

　審判は連盟から公式審判員４名を派遣してもらうよう要請する。 公式記録と審判の弁当についてはリーグ戦の運営と同様に行うが、 場合によっては当番校が務める。

　プレーオフでの成績は、リーグ戦の個人成績に含めない。ただし、 最高殊勲選手・ベストナイン等の選考がある場合に、プレーオフでの成績を 選考の材料として使用してもよい。

５-１　２チームが並んだ場合(直接対決１試合)

• ベンチや先攻・後攻の別はリーグ戦に準ずる。
• ９回で決着がつかない場合は決着がつくまで延長戦を行う。
• ＡとＢの対戦については勝者を１位校、敗者を２位校とし、 ＹとＺの対戦については勝者を５位校、敗者を６位校とする。
• ＡとＢの対戦がない場合にはＹとＺの対戦を第１試合とする。

５-２　３チームが並んだ場合(変則トーナメント形式)

• ベンチや先攻・後攻の別はリーグ戦に準ずる。
• ９回で決着がつかない場合は決着がつくまで延長戦を行う。
• 第９週日曜日第１試合の勝者を１位校、第９週土曜日第１試合の勝者を ２位校、第９週土曜日第１試合の敗者を３位校とする。
• 第９週日曜日第２試合の敗者を６位校、第９週土曜日第２試合の敗者を ５位校、第９週土曜日第２試合の勝者を４位校とする。
• 片方のプレーオフがない場合には、原則として１日１試合だけを第１試合 として行い、ダブルヘッダーとはしない。ただし日程の都合上、早急に順位を 決める必要がある等の場合には連盟の判断によってこの原則を崩してよい。

５-３　４チームが並んだ場合(順位考慮の普通トーナメント形式)

• ベンチや先攻・後攻の別はリーグ戦に準ずる。
• ９回で決着がつかない場合は決着がつくまで延長戦を行う。
• (１位校が並んだプレーオフの場合、)第９週日曜日第１試合の勝者を １位校、同試合の敗者を２位校、第９週日曜日第２試合の勝者を３位校、 同試合の敗者を４位校とする。
• (６位校が並んだプレーオフの場合、)第９週日曜日第１試合の勝者を ３位校、同試合の敗者を４位校、第９週日曜日第２試合の勝者を５位校、 同試合の敗者を６位校とする。
• ４チームによるプレーオフに関与しない２チームが並び、そちらの プレーオフも行う場合は、第９週土曜日か第９週日曜日に別会場で行うか、 他に日程を用意して行う。どちらにするかの判断は、会場の確保の状況や 日程の状況を考慮し、当番校と連盟の相談によって決める。